A livello del tratto gastrointestinale è presente un vero e proprio organo, il MICROBIOTA, costituito da almeno 500 specie di microrganismi facenti parte della cosidetta flora intestinale, il cui equilibrio contribuisce a determinare lo stato di benessere o malessere dell'apparato digerente e dell'intero organismo. Sintomi associati a disbiosi, stitichezza o diarrea, meteorismo, e in tutte quelle situazioni di colon irritabile quali gonfiore  e tensione addominale con dolore e flatulenza, alitosi e difficoltà digestive, aumentata suscettibilità alle infezioni in genere dovuta ad una diminuzione delle difese immunitarie, aumentata probabilità di micosi dell'intestino(candidosi), vaginiti e cistiti, disturbi di carattere generale: nervosismo, ansia, disturbi del sonno, stanchezza, astenia e camiamenti dell'umore. E' possibile valutare la disbiosi intestinale attraverso un semplice test delle urine che evidenzia due metaboliti INDICANO il cui elevato livello è indice di disbiosi a livello dell'intestino tenue, disbiosi fermentativa, nella quale è consigliabile l'integrazione con ceppi di Lattobacilli, per quanto riguarda l'alimentazione invece, abolizione degli zuccheri semplici e cereali raffinati, eliminare alimenti lavorati dall'industria alimentare, libero consumo alimenti proteici, consentito consumo frutta fresca, di quella secca a guscio, e verdure. SCATOLO il cui aumento è indice di una disbiosi a livello del colon disbiosi putrefattiva che può essere corretta con ceppi di Bifidobatteri, da un punto di vista alimentare maggior apporto di fibre, bere molta acqua, ridurre introito di grassi e proteine animali, aumentare apporto proteine vegetali, aumentare consumo di alimenti ricchi di acidi grassi mono e polinsaturi. Oltre all'integrazione con probiotici può a seconda dei casi essere utile l'uso di prebiotici, ossia fibre alimentari solubili in grado di favorire la crescita della flora batterica "buona", inulina, fruttooligosaccaridi(FOS) e gli alcol zuccheri.